L'anima di ciascun individuo, in particolare, è in grado di vivere la totalità degli stati propri dell'uomo: quando si accosta al divino essa è intelletto, quando considera la natura e le sue leggi è ragione, quando si accosta alle cose sensibili è senso, quando si prende cura del corpo è vita. Anima e corpo sono così strettamente legate e connaturate, l'anima rappresenta esattamente ciò che il corpo abbisogna per agire nella realtà.

4. La conoscenza: l'anima crea riconoscendo

Analogamente a Dio, che è al di sopra della creazione, oltre ad essere Egli stesso il Creato (poiché ogni cosa è nel suo essere), l'anima dell'uomo è un tutt'uno con la natura creata, poiché solo in essa si rapporta, solo in essa vive e in essa ritornerà (l'anima è come goccia nell'oceano, quell'oceano che rappresenta nella metafora l'essere divino: l'anima è quindi stessa sostanza divina ma con un intervallo di consapevolezza molto più circostanziato).

La consapevolezza data all'uomo dall'anima è ciò che permette di riconoscere nella natura ciò che è stato creato da Dio (teofania). Ogni aspetto della natura passa attraverso l'intelletto e in questo passaggio viene riconosciuta. In questo senso il conoscere è creare, poiché attraverso la conoscenza delle cose, l'uomo edifica in sé quella gerarchia degli enti che è stata per prima conosciuta da Dio nell'atto della creazione di ogni cosa (lo stesso Dio ha creato con l'uomo anche la capacità di riconoscere le cose da Lui create).

Questo significa anche che ogni cosa creata è già predisposta per essere riconosciuta, ogni aspetto del futuro e di ciò che ancora non esiste è già presente nella creazione, il compito dell'intelletto umano è quello di renderle visibili. Tale capacità dell'anima di rendere le cose evidenti e concrete è però in ultima analisi prerogativa di Dio, per cui l'uomo è dotato da Dio della sola capacità di chiamare le cose al mondo attraverso l'atto di "intelligerle" (riconoscerle), mentre è Dio che decide, con la sua potenza, quali oggetti e quali eventi siano possibili di conoscenza da parte degli uomini. Da notare come in questi concetti esca preponderante il tratto neoplatonico proprio della teologia di Eriugena (analogie con il tema della reminescenza platonica).

5. L'uomo diviso

Non solo la teoria di Eriugena sulla conoscenza è fortemente intrisa di neoplatonismo, ma anche la sua concezione della natura umana risente decisamente dell'influenza di Platone e di Plotino.

La sostanza dell'uomo è unica, è la medesima di quella divina, in cui tutte le cose sono state create. Ma la natura dell'uomo si rapporta alla creazione in due modi: il primo è la modalità intellettiva e spirituale, legata alla dimensione archetipa dell'uomo (legata, cioè, alla struttura primordiale dell'uomo); il secondo è legato alle vicissitudini terrene del corpo e della materia.

Rispetto alla prima modalità, l'anima dell'uomo è una e indivisa, è un tutt'uno con la sostanza divina: è in questa modalità che lo spirito umano viene a contatto con le cose più alte.

Rispetto alla seconda modalità, l'anima è divisa e isolata, sente il peso della sua individualità incarnata, è corruttibile, fatalmente legata alle vicende del corpo e alle passioni degeneranti che scaturiscono dalla materia.

L'anima umana, in questa duplice condizione "conosce se stessa e non conosce se stessa. Conosce che è, ma non sa che cosa è". L'anima riconosce quindi di esistere, ma non può conoscere i suoi motivi e la sua vera natura, così come è stata concepita nella mente di Dio all'atto della creazione.

Ecco allora che l'anima del saggio aspira continuamente a ricongiungersi all'unità, aspira a superare l'isolamento e la divisione individuale per tentare di ricongiungersi, grazie all'intelletto, a quella unità originaria che accomuna ogni cosa creata. Si noti come la concezione di Eurigena sia, su questo punto, analoga al processo estatico di riavvicinamento all'Uno in Plotino.

L'uomo è poi stato pensato originariamente da Dio come privo di sessualità e di genere. La divisione dell'uomo in maschio e femmina è opera divina in modo da legare indissolubilmente gli uomini al modo di generarsi proprio degli animali. La divisione dei generi è stata realizzata da Dio in vista del peccato originale, costituito dal rifiuto, da parte del genere umano, di moltiplicarsi similmente agli angeli, come era nelle intenzioni originarie di Dio. Dunque Egli, che già sapeva di questo rifiuto, ha deciso per l'uomo la moltiplicazione per via "sessuale" e non per pura via "spirituale" (questo è per Eriugena il senso ultimo del peccato originale).

Detto questo si può notare allora come Eriugena faccia riferimento a un mito platonico, quello degli uomini sferici e divisi, contenuto nel Simposio: Gli uomini erano originariamente sia maschi che femmine, erano androgini, ovvero erano unità, perfezione e completezza. Successivamente, divisi dagli dei (da Dio in Eriugena), gli esseri umani sono destinati a ricercare nell'unione con l'altro sesso quella perduta e originaria unità che non possono vivere nel loro isolamento.

6. L'escatologia di Eriugena

Eriugena elabora anche una propria escatologia, ovvero elabora una visione dei destini ultimi dell'umanità e dell'universo (escatologia, dal greco éskata=le cose estreme, e -logia=logica, ovvero, per estensione, "spiegazione degli avvenimenti ultimi").

La visione di Eriugena riguardo al destino ultimo dell'uomo è piuttosto particolare: egli afferma, come si è visto, che l'uomo incarnato nel mondo non è consapevole di ciò che veramente è, e che i suoi sforzi su questa terra sono volti proprio alla ricerca di questa consapevolezza. Da questo deriva che l'uomo, sulla terra, non ha mai vissuto un periodo felice di completa armonia con il tutto, non ha mai vissuto, in sostanza, la condizione felice del Paradiso terrestre.